Henriette Marie sinh vào ngày 25 tháng 11 năm 1609 tại Cung điện Louvre ở Paris. Ngày sinh của bà có tranh cãi, một số sử gia cho là ngày 26 tháng 11, trong khi tại Anh khi ấy vẫn đang dùng lịch Julius, thì ngày sinh của bà là được viết thành ngày 16 tháng 11, chỉ có năm sinh không thay đổi.

Trong gia đình, Henriette Marie là con gái út của Quốc vương Henry IV của Pháp thuộc nhà Bourbon và Vương hậu thứ hai của ông, Marie de' Medici - một quý nữ xuất thân từ gia tộc quyền lực và danh giá người Ý, nhà Medici. Bà là một người nổi bật theo đạo Công giáo với đức tin ngoan đạo. Với việc là con gái của một vị Vua nhà Bourbon, Henrietta Maria là Fille de France, em gái của vị Vua tương lai của Pháp, Louis XIII. Quốc vương Henry, cha của bà đã bị ám sát vào ngày 14 tháng 5 năm 1610, lúc đó bà còn chưa đầy tuổi. Khi còn là một đứa trẻ, với địa vị công chúa của Pháp, Henrietta Maria được nuôi dưỡng dưới sự giám sát của phó mẫu là Françoir de Montglat.

Sau khi chị gái của bà là Christine Marie kết hôn với Victor Amadeus I, Công tước xứ Savoy và trở thành Công tước phu nhân, Henrietta Maria đã bắt đầu được đào tạo như một công chúa danh giá. Cùng với các chị em của mình, Henrietta Maria được tham gia các môn cưỡi ngựa, nhảy múa và ca hát, đồng thời còn được tham gia vào các vở kịch được biểu diễn trong triều đình Pháp. Mặc dù được dạy kèm về đọc và viết, Henrietta Maria không được biết đến là có thiên phú do Công chúa bị ảnh hưởng nặng nề bởi dòng Cát Minh. Đến năm 1622, Henrietta Maria đang sống ở Paris với một gia đình khoảng 200 người hầu và được bề trên nhen nhóm kế hoạch định hôn[2].